芯片内部微通道的间隙可能≤20μm，锥形毛细管的尺寸也在几十微米左右，如果注入芯片内部的流体中含有颗粒、杂质，或通道内有固体反应物生成，都很容易导致微通道的堵塞。为减少芯片堵塞的可能性，所有液体和气体，包括任何清洁溶液，都应在与微流控芯片的任何部分接触之前进行过滤，建议用0.2μm过滤器过滤之后再上设备。有时就算严格按照微流控芯片的操作流程进行实验，也难免遇到微通道堵塞的问题，让实验不得不从头再来。

如果芯片通道内有较大的夹杂物堵塞通道，可以采用以下几种方式：

• 继续用较高的流速冲洗，使夹杂物经收集管出口流出；

• 如果堵塞物无法流经收集管，可反向冲洗，把通道内的夹杂物冲到芯片的某一个进口端；

• 如果夹杂物为生成的产物，则更换可以将其溶解的溶剂来清洗通道；

如果以上方式均不能冲洗掉夹杂物，且夹杂物被固定在微通道内部某一位置，可以对芯片进行拆解，并对芯片主体和毛细管单独进行超声波清洗，具体做法是：将芯片置于洁净的烧杯中（毛细管可以置于离心管内），加入适当清洗溶剂，利用超声波清洗一段时间，然后取出观察并冲洗，反复几次，看是否能冲走残留物并将芯片内部洗干净。具体操作步骤可咨询我们的专业技术人员。