芯片清洗方法的选择由芯片材质和芯片内残留物种类决定。
ALFA型微流控芯片：由于ALFA芯片不耐有机溶剂（包括乙醇），通常使用的溶液体系为水相和油相，使用芯片后，可以用稀浓度的清洁液（比如洗洁精）冲洗，然后再用去离子水彻底清洗。
MONO型、DUAL型微流控芯片：如芯片中为有机残留，常用乙醇清洗，再用去离子水清洗并晾干即可。
芯片的清洗可参考以下步骤：
用一定的推进速度把芯片内残留的的流体推出芯片外，再使用与实验用的试剂冲洗芯片通道；
使用去离子水冲洗芯片微通道；
使用乙醇或异丙醇（IPA）溶液冲洗芯片通道。注：IPA挥发性较好，不会在芯片通道的表面留下液体痕迹；（注：步骤2、步骤3可重复交替进行）
使用气体（空气/氧气/氮气/氩气等）把芯片通道内的液体吹干；
清洗后的芯片和各个连接件应妥善存放在远离灰尘、污染物的地方。
